除韩国外，被美军不断外溢的疫情袭扰的还有日本。目前，驻冲绳美军已经累计确诊100多例。日本时事新闻社和共同社等日本媒体20日报道说，《日美地位协定》使日本政府无法管控美军基地疫情。

　　疫情发生以来，日本已将美国列入“禁止出入境国家”，但根据日美两国1960年签署的《日美地位协定》。驻日美军却可以自由出入日本，无须接受日方的新冠病毒检测，美军各项防疫措施也不受日方管控。

　　日本防卫省表示，美军基地出现确诊病例后，应向当地卫生部门提供相关情报，但未经美军同意，具体人数将不会公开。7月上旬，乘坐专机抵达青森县三泽基地的美军士兵出现确诊病例，但具体人数未公开。神奈川县的厚木基地也出现了确诊病例，具体人数同样未公开。

　　唯一例外的是日本冲绳县，县知事玉城丹尼11日和驻冲绳美军负责人专门就此事进行了电话会谈，得到了“不会阻止县政府公开数据”的承诺后，冲绳五处基地的确诊美军人数才得以公开。截至19日，驻冲绳美军累计确诊141例。

　　冲绳县居民说，在之前的一个月，该县仅报告1例新增病例，现在却出现如此多的病例，他们感到“害怕和愤怒”。

　　冲绳居民：感到有些害怕，无法安心地逛街，太吓人了。

　　据报道，约5万人的驻日美军中有半数以上驻扎在冲绳。有冲绳官员说，由于驻日美军基地内部空间不足，目前从美国本土前来换防的美国军人正在基地外的一家当地酒店进行防疫隔离。此举引发日方强烈不满，日方认为美军应在基地内隔离，但美军置之不理，就连在酒店隔离的具体人数也不公开。

　　据日媒报道，美军驻冲绳基地部分官兵住在基地外，美军基地人员可以自由出入冲绳县的餐厅等消费场所。另外，还有一些冲绳县居民在美军基地内工作。这些因素都为疫情蔓延埋下隐患。